Lego Marvel Super Heroes cuenta con una historia original que cruza todo el universo Marvel. Los jugadores toman el control de Iron Man, Spider-Man, Hulk, Capitán América, Wolverine y muchos más personajes de Marvel mientras se unen para evitar que Loki y una gran cantidad de otros villanos de Marvel armen una súper arma capaz de destruir el mundo. Los jugadores perseguirán ladrillos cósmicos mientras viajan por LEGO Manhattan y visitarán lugares clave del universo Marvel, como Stark Tower, Asteroid M, una base Hydra y la X-Mansion.
